Nhằm đưa ra những khung hình phạt và mức phạt chi tiết hơn, ngày 21 tháng 6 năm 2011 Thủ tướng Chính phủ đã ban hành Nghị định số 48/2011/NĐ-CP về quy định xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực hàng hải. Nghị định này thay thế Nghị định số 62/2006/NĐ-CP ban hành ngày 21 tháng 6 năm 2006 và có hiệu lực từ ngày 1 tháng 9 năm 2011.

Ngoài những nội dung chính đã được nêu trong Nghị định 62, Nghị định mới này có thêm một số chi tiết như sau:

- Về hành vi vi phạm, ngoài các hành vi được qui định trong Nghị định cũ như: vi phạm trong hoạt động xây dựng và khai thác cảng biển, hoạt động hàng hải của tàu thuyền tại cảng biển, thì trong Nghị định mới cũng bổ sung thêm hành vi vi phạm trong hoạt động đăng ký, đang kiểm tàu thuyền và bố trí thuyền viên, sử dụng chứng chỉ chuyên môn, sổ thuyền viên, hộ chiếu thuyền viên.

- Hình thức xử phạt và khôi phục cũng được bổ sung thêm hình thức buộc đưa ra khỏi lãnh thổ Việt nam, hoặc buộc phải tái xuất hàng hóa, vật phẩm, phương tiện.

- Về mức phí phạt cũng được điều chỉnh, mức phạt hành chính hầu hết tăng lên từ 1,5 đến 2 lần, tuy nhiên mức cao nhất vẫn là 100.000.000. Mức phạt cũng được quy định rõ hơn. Đối với một số hành vi vi phạm thì mức phạt được tính dựa trên dung tích tàu. Ví dụ hành vi tàu vào cảng mà không làm thủ tục theo quy định sẽ được chia mức phạt theo dung tích dưới 500GT, từ 500 - 3000 GT và trên 3000 GT. Đối với vi phạm về việc chở không đúng trọng tải, trong Nghị định cũ chỉ nêu chung chung là vượt mức cho phép, thì trong Nghị định mới chỉ rõ vượt mức bao nhiêu % và mức phạt tương ứng.

- Ngoài những thay đổi nêu trên, Nghị định này cũng điều chỉnh thẩm quyền xử phạt của các cá nhân và đơn vị chức năng liên quan. Ví dụ thẩm quyền xử phạt hành chính của Thanh tra viên Bộ GTVT đang làm nhiệm vụ tăng từ 200.000 lên 500.000. Ngoài ra Nghị định mới còn ban hành kèm theo các mẫu biên bản và quyết định xử phạt cụ thể.